I Dr. Brain: Puzzleopolis du är Pro, den goda klonen av Dr. Brain. Du får tillfälle att spela massor av hjärnan-bråkade pussel och titta på massor av häftiga animationer i ditt utövande av conn, Dr. Brain onda klon! Slutföra pussel att få artiklar och vänner du måste besegra conn och hans onda följeslagare. För att lyckas behöver du använda logik, strategi, planering, experiment och skicklighet.